وزارت نامزد شد ، و همچنين تا هنگام رحلتش بدين مقام برقرار بود ، تا وفات يافت و نزديك زمان ما در اوايل حكومت سلطان مذكور بود ، و پس از درگذشت وى جنازهء او را به نجف اشرف حمل كرده ، و در آنجا مدفون ساختند ، قبرش معروف است و پدرش از فضلاى عهد خودش بوده است . خليفه سلطان ، مطالب علمى را در شئون مختلف ، از گروهى از اعلام ، از جمله پدرش ميرزا رفيع الدّين ، و شيخ بهايى فراگرفت ، و از شيخ به اخذ اجازه نائل آمد ، و ديگرى ملا سلطان حسين يزدى ندوشنى و نيز از ملا حاج محمود رنانى استفاده كرده است . وزير خليفه سلطان ، شريك درس ملا خليل قزوينى بود ، و حاشيه‌اى چند ، بر شرح لمعه دارد . خليفه سلطان ، فرزندان و نوادگان پسر و دختر داشته ، و همهء فرزندان او ، با آنكه از كودكى به امر شاه صفى ، يا شاه‌عباس كبير كور شده‌اند ، از فضلا و علماى روزگار خود بوده‌اند .

--> تاريخ بر كتيبه آن عمارت نقش شد ، در آثار ملى اصفهان اشعار آن كتيبه را نوشته ، و شايد ندانسته سراينده آن كيست : بعهد شهنشاه عباس ثانى * كه عهدش جهان كرد پير جهان را بنا كرد از فيض لطف الهى * بنايى كه شد رشك نه سقف مينا ز بس رفعتش بر سپهر كواكب * نمايد چو ريگ ته جو ثريا كواكب چو گل‌هاى باغش نمايان * مجره در او همچو جويى است پيدا كند سال‌ها اندر آن كامرانى * بود قرن‌ها سجده‌گاه برايا مبارك بود زان كه تاريخ آن شد * ( مبارك‌ترين بناهاى دنيا )